Ученые создали инструмент для быстрой «сборки» генома вируса

Genom virusa 1

Пандемия коронавируса COVID-19 стала тревожным звонком для биологов.

Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ и Калифорнийского университета в Сан-Диего разработали ассемблер metaviralSPAdes, который позволяет найти и собрать геном вируса среди множества других последовательностей. Об этом сообщает пресс-служба российского вуза в понедельник.

Новая разработка поможет быстрее и удобнее расшифровывать геномы патогенов, а значит — даст возможность быстрее приступить к разработкам тест-систем и вакцин от опасных инфекций. Научная статья с результатами работы опубликована в журнале Bioinformatics.

Ученые отмечают, что с появлением нового вируса биологи в первую очередь берутся за расшифровку его генома, но секвенирование генома нового патогена во время его вспышки осложняется наличием в отобранном биоматериале геномов многих вирусов и бактерий. Поэтому исследователям приходится собирать геном вируса, как пазл из миллиона фрагментов.

Для сборки последовательности генома сегодня активно применяется созданный восемь лет назад российско-американской командой ученых сборщик SPAdes. С его помощью ученые анализировали патогены, вызвавшие вспышку Ближневосточного респираторного синдрома (MERS) в Саудовской Аравии, Эболы в Конго, гонореи в Англии, менингита в Гане, лихорадки денге на Суматре и десятки других вспышек.

Три года назад ученые из США и России создали сборщик metaSPAdes для сборки метагенома — набора из сотен различных геномов микроорганизмов, живущих в одной среде. При расшифровке метагенома ученым приходится разбираться с тысячей отдельных пазлов вместо одного: требуется собрать «картинку», фрагменты которой перемешались с миллиардами кусочков от других пазлов.

MetaSPAdes стал ведущим метагеномным сборщиком, так как с его помощью стало легче извлекать вирусные последовательности из огромного количества данных. Новый же сборщик — metaviralSPAdes способен не только находить фрагменты вирусных геномов, но еще и собирать из них готовый «пазл» — геном патогена.

Ученые заявили, что пандемия коронавируса COVID-19 стала тревожным звонком для биологов, которые изучают передачу вирусов от животных к человеку, и напомнила, насколько важно исследовать различных хозяев вирусов.

Ранее мы писали о том, что пандемия нанесла удар по развитию человеческого потенциала.

Автор материала:
Таня Нати
ТЭГИ:
comments powered by HyperComments