Ученые разрабатывают новое ПО для раскрытия происхождения рака

Как мы можем проследить наследственные корни рака до сегодняшних дней? По мнению профессора-исследователь Лаборатории Колд-Спринг-Харбор (CSHL) Александра Красница, ответы могут лежать глубоко в обширных базах данных и больничных архивах, содержащих сотни тысяч образцов опухолей.

Профессор и научный сотрудник CSHL Паскаль Белло работают над выявлением генеалогической связи между раком и расой или этнической принадлежностью. Они разработали новое программное обеспечение , которое точно определяет континентальное происхождение по ДНК и РНК опухоли.  Их последнее исследование опубликовано в журнале Cancer Research. Их работа может помочь клиницистам разработать новые стратегии раннего выявления рака и персонализированного лечения.

«Почему люди разных рас и национальностей заболевают разными видами рака с разной скоростью? У них разные привычки, условия жизни, воздействия — все виды социальных и экологических факторов . Но может быть и генетический компонент», - говорит Красница.

Команда ученых обучила свои программные инструменты, используя гибридные профили ДНК. Они создали эти профили из раковых и неродственных свободных от рака геномов известного происхождения. Затем они проверили работу ПО на образцах рака поджелудочной железы, яичников, молочной железы и крови у пациентов с известным происхождением. Команда обнаружила, что ПО сопоставило их гибридные профили с континентальным населением с точностью более 95%.

«У нас есть хорошая модель, на которую можно опираться. Но очень немногие люди происходят от одного предка. Мы все в какой-то степени смешаны. Поэтому сейчас мы работаем над тем, чтобы заглянуть глубже, протестировать образцы опухолей неизвестного происхождения, выявить смешение предков и добиться большей региональной специфичности». Насколько конкретно? А пока представьте себе Западную Африку, а не Восточную Африку», - говорит профессор.

Ученые недавно присоединились к исследованию колоректального рака в сотрудничестве с Northwell Health и SUNY Downstate Medical Center. Исследование позволяет им изучить, как колоректальный рак мутирует гены в зависимости от конкретной расы или этнической принадлежности. Они надеются еще больше усовершенствовать свое ПО, чтобы сделать вывод о происхождении не только целых геномов, а и каждой отдельной последовательности в них.

Ранее Курсор писал, что разгадана тайна смертельного рака мозга. Рак головного мозга, глиобластома, является яростным и грозным противником. Большинство пациентов умирают в течение двух лет, и немногие доживают до пяти лет.

Редакция Курсора сообщала, что израильские ученые сделали прорыв в лечении рака. Больные раком тестируют первые в мире «компьютерные» антитела, сделанные в Израиле

Ранее Курсор писал, что израильские ученые создают нанотехнологию для борьбы с онкологией.

Предраковое состояние: онколог назвал первые признаки недуга. Онколог и хирург рассказал, что на предраковое состояние органов желудочно-кишечного тракта могут указывать потеря веса, частые боли и вздутие живота.